A Província de Portugal, em 1999, propôs aos leigos que já partilhavam o trabalho missionário e apostólico da Congregação, a formação de grupos voltados para a partilha e vivência da espiritualidade espiritana. Chamaram-lhe Fraternidades Espiritanas. No Capítulo Provincial de 2000, os Espiritanos assumiram formalmente este projeto, aprovando os “Princípios dinamizadores das Fraternidades Espiritanas” bem como a constituição das duas primeiras Fraternidades, uma ligada à comunidade do Pinheiro Manso, no Porto, e outra, à comunidade da Silva, em Barcelos. Atualmente, existem cinco Fraternidades Espiritanas. A sua dinamização é confiada ao CESM (Centro Espírito Santo e Missão), que organiza os seus retiros e encontros anuais.

As Fraternidades Espiritanas nasceram para reconhecer aos leigos mais empenhados na missão espiritana o direito de partilharem o carisma e a espiritualidade dos fundadores, abrindo as comunidades espiritanas à sua presença. Espaço privilegiado de comunhão e de aprofundamento do carisma, dão assim mais credibilidade e profundidade à missão espiritana hoje.